Mikrobiološka filtracija je najsavršeniji vid sterilizacije vode koji se primenjuje najčešće u prehrambenoj industriji, fabrikama za flaširanje vode i bezalkoholnih pića.

     Ova filtracija se izvodi pomoću mikrobioloških filter ketridža poroziteta 0,2 µm koji se postavljaju u specijalna elektropolirana kućišta od INOX materijala za prehrambene svrhe. Filter ketridži  se regenerišu (sterilišu) određenim hemijskim postupkom, toplom vodom, vodenom parom i njihov vek trajanja je do 50 regeneracija.

    Mikrobiološkoj filtraciji obavezno prethodi  jednostepena ili dvostepena mehanička filtracija. Tako, na primer, jedan sistem mikrobiološke filtracije izgleda ovako:

    Sistem za mikrobiološku filtraciju može sadržati dopunske elemente:

• liniju za sanitaciju filtera,
• razvodni sistem (by pass).

Proces flaširanja vode ne može se zamisliti bez mikrobiološke  filtracije.